性位点或变构位点结合从
小分子药物的经典作用模式是占据驱动。自年批准第一个口服小分子肿瘤靶向治疗药物靶向雌激素受体的他莫昔芬用于治疗乳腺癌以来小分子药物的开发通常集中在高亲和力抑制剂的筛选上。小分子抑制剂可以与蛋白质的活而废除其功能这是一种占据目标蛋白质上的特定位点驱动蛋白质功能丧失的作用方式。小分子抑制剂面临两大挑战耐药突变和难以用药的靶点。方面对小分子抑制剂有反应的患者最终会产生耐药性这主要是由于耐药突变。另一方面占据驱动的作用模式需要目标蛋白上有明确的口袋凹槽这些口袋凹槽可以被小分子占据。然而一些蛋白质口袋凹槽非常浅甚至缺乏催化区域导致小分子抑制剂的效 克罗地亚电话号码列表 果不太理想。这些靶蛋白通常被称为难以药物靶标。以蛋白质复合物形式起作用的蛋白质靶点抑制蛋白质复合物的一个亚基很难使该复合物完全失活。
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此外蛋白质蛋白质相互作用很难用小分子阻断。因此蛋白质复合物传统上被认为是难以药物靶标例如参与表观遗传调控的蛋白质复合物和染色质重塑复合物。具有支架功能的蛋白质靶点一些蛋白质本身不依赖或缺乏酶催化位点而是通过结合招募其他蛋白质间接发挥其功能。小分子药物与此类蛋白质的结合很难完全消除靶蛋白的功能代表性的蛋白质如粘着斑激酶。最近也被发现具有支架功能。
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